Мужское крестильное имя Стефан в переводе с древнегреческого означает «венок». В основу фамилии легла производная форма имени - Стефаниша. Скорее всего, основатель рода Стефанишиных был выходцем из рабочей или крестьянской среды. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Стефаниша, со временем получил фамилию Стефанишина.