Фамилия Столбник — один из тех редких случаев, когда прозвище могло быть дано не за внешность или характер, а за образ жизни, связанный с религиозным подвигом. Основа фамилии — слово «столп» в значении «башня» или «колонна». В древнерусском языке «столпником» называли монаха-аскета, который годами жил и молился на небольшой платформе на вершине столба (столпа). Самый известный пример — преподобный Симеон Столпник, живший в V веке. Прозвище Столбник могли дать человеку, который либо сам вёл отшельнический образ жизни, либо был прихожанином или служителем при храме, построенном в честь святого столпника. Со временем это прозвище закрепилось за родом и перешло в фамилию.

Суффикс нулевой, что нетипично для русских фамилий. Обычно фамилии образуются с помощью -ов/-ев, -ин, -ский. Форма Столбник — это чистое прозвище, которое не стали русифицировать суффиксом. Такое встречается в северных и центральных регионах России, где прозвища иногда переходили в фамилии без изменений (ср. Портной, Кузнец, Скоморох). Это говорит о том, что фамилия могла возникнуть не через официальную запись в переписных книгах, а через устную традицию: «Иван, сын Столбника» со временем превратилось в «Иван Столбник».

Версия, что фамилия происходит от деревянного столба или пограничного знака (столб, столбник), маловероятна. Такое прозвище дали бы скорее высокому и худому человеку («длинный, как столб»), но тогда фамилия звучала бы как Столбов или Столбцов. Форма Столбник чётко указывает на деятеля, на человека, совершающего действие, — именно так образуются названия профессий и занятий (печник, плотник, охотник). Поэтому версия с аскетом-столпником остаётся основной и наиболее убедительной.

Фамилия очень редкая. В современных справочниках и телефонных книгах она встречается единично, преимущественно в центральных областях России. Известных носителей с этой фамилией, оставивших след в истории, нет — это фамилия простого крестьянского или посадского рода, не попавшего в дворянские родословные книги.