Фамилия Столбунников — одна из тех, что ставит исследователя перед выбором: от какого именно слова её образовали? Внешне она прозрачна, но внутри скрывает как минимум две равновероятные версии, и обе ведут в разные социальные слои.

Разберём суффиксы. Формант -ов- идёт от притяжательного прилагательного, а двойное -нн- в основе указывает на то, что исходное слово — «столбун» или «столбунник». Первая версия: «столбуном» в северных и центральных говорах называли упрямого, несговорчивого человека, «стоит как столб». В словаре Даля есть даже глагол «столбуниться» — упрямиться, упираться. Тогда прозвище Столбун получал человек с тяжёлым характером, а его потомки стали Столбунниковыми. Вторая версия: «столбунник» — это тот, кто делал столбы, то есть плотник-столбовик. В деревянной Руси существовала особая специализация: ставить воротные столбы, подпоры для крылец, межевые знаки. Фамилии на -ник часто указывали на ремесло (примеры — Мельников, Плотников, Колесников). Столбунников мог быть потомком мастера по столбам.

Менее вероятна, но возможна связь со словом «столбун» в значении «межевой столб» — тогда прозвище давали человеку, жившему у такого столба или владевшему землёй по меже. Но эта версия слабее: в ономастике прозвища от топографических объектов обычно образуются проще (Зарецкий, Подгорный), без двойного -нн-.

Географически фамилия редкая. Встречается в основном на севере и северо-востоке европейской России — в Вологодской, Архангельской, Кировской областях. Это подтверждает и северное происхождение говорового слова «столбун». В южных регионах фамилия почти не фиксируется.

Сословная принадлежность — скорее всего, крестьянская или посадская. Фамилии на -ов/-ев в этой среде были нормой, а ремесленные прозвища часто становились родовыми именами. Дворянских родов Столбунниковых в родословных книгах нет.

Если выбирать между «упрямцем» и «мастером», вторая версия кажется более правдоподобной: фамилии от черт характера встречаются реже, чем от профессий, и обычно имеют более яркую, запоминающуюся основу (Бесфамильный, Неупокой). «Столбун» же звучит как название дела, а не как обидное прозвище. Но окончательного ответа нет — в каждом конкретном случае надо смотреть историю семьи.