Фамилия Столбунов происходит от личного имени или прозвища Столбун, а то, в свою очередь, — от нарицательного «столб». Слово «столбун» в старых говорах имело несколько значений, поэтому и версий происхождения фамилии две, и обе они вполне жизнеспособны.

Согласно первой версии, Столбуном родители могли наречь ребенка в надежде, что он вырастет опорой семьи. Имя-оберег должно было сделать сына надежным и крепким, как столб, который поддерживает дом и защищает его от недоброжелателей. Такие имена-пожелания были распространены в крестьянской среде, где опора рода и работник в хозяйстве ценились превыше всего.

Вторая версия отталкивается от внешности. Столбуном в народе могли прозвать высокого и худого человека — за сходство с жердью или столбом. Прозвище быстро прилипало к человеку и переходило на его детей, а затем и на внуков уже в виде фамилии.

Суффикс -ов в фамилии указывает на притяжательное значение: Столбунов — это сын Столбуна, потомок человека, носившего такое имя или прозвище. Модель образования типична для русских фамилий, сформировавшихся в XV–XVII веках в среде служилых людей и крестьянства.

Интересно, что фамилия сохранила редкую основу. Однокоренные Столбов и Столбовой встречаются чаще, а вот Столбуновых меньше. Это говорит о том, что прозвище Столбун было локальным, бытовавшим в отдельных регионах, а не повсеместным. В письменных источниках фамилия фиксируется с XIX века, когда за крестьянами после отмены крепостного права массово закреплялись наследственные фамилии.