Основой фамилии Столбунова послужило мирское имя Столбун. Фамилия Столбунова образована от мирского имени Столбун, которое восходит к нарицательному «столб». Столбуном родители обычно нарекали ребенка в надежде, что впоследствии он станет для них надежной и опорой, будет поддерживать и защищать их от недоброжелателей. Согласно другой версии, в основу фамилии легло прозвище Столбун. Так могли прозвать высокого, худого человека. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Столбун, со временем получил фамилию Столбунова.