Фамилия Столыпин звучит сегодня как имя исторического деятеля, но её корни уходят в толщу народной речи XVI века. Образована она от прозвища Столыпа, а вот его происхождение — вопрос, вокруг которого ономасты строят догадки. Наиболее убедительная версия связывает прозвище с глаголом «столыпаться», который В. И. Даль в своём «Толковом словаре живого великорусского языка» объясняет как «бродить толпами, слоняться». Если принять эту версию, то прозвище Столыпа могло принадлежать человеку общительному, живому, который любил бывать в центре народных гуляний и шумных компаний. Впрочем, у этой основы могли быть и иные смыслы: в диалектах встречаются слова, связанные с ходьбой, топтанием на месте, что могло указывать на манеру поведения или походку. Точного ответа нет, но «гулящий» человек — самое простое и правдоподобное объяснение.

Письменные источники фиксируют прозвище Столыпа и раннюю форму фамилии с XV века. Академик С. Б. Веселовский в своём «Ономастиконе» упоминает писаря Столыпу из Радонежа (1425 год) и княжеского ключника Артемия Столыпина (1541 год). Эти записи показывают, что прозвище бытовало в центральных русских землях, в среде служилых и приказных людей. Чуть позже, в XVI веке, прозвище носил и новгородский зодчий Столыпа, который вместе со строителем Игнатием Салкой возводил Успенскую и Спасо-Преображенскую церкви Преображенского монастыря на Большом Соловецком острове. Имя зодчего сохранилось в истории русского каменного зодчества, что говорит о том, что прозвище не было привязано к одному сословию и встречалось среди людей самых разных занятий.

Дворянский род Столыпиных возводит свою родословную к началу XVI столетия. Первый достоверный документ о роде датирован 1566 годом: некий «Второй Титович Столыпин подписался на поручной записи бояр и дворян по князю Охлябинине». Эта запись — типичный пример поручительства, когда знатные люди ручались за верность и поведение опального князя. Род был внесён в дворянские родословные книги Пензенской и Саратовской губерний, что указывает на прочные земельные корни в Поволжье. Герб Столыпиных, помещённый в «Общий гербовник дворянских родов Всероссийской империи», красноречиво говорит о военной службе предков: щит, разделённый на красное и синее поля, несёт изображение одноглавого серебряного орла, который в правой лапе держит овившегося змея, а в левой — серебряную подкову с золотым крестом. Щит увенчан дворянским шлемом и короной с тремя страусовыми перьями, а держат его два единорога. Девиз рода на латыни — «Богу моя надежда».

Предки Столыпиных участвовали в ополчении Минина и Пожарского, воевали под командованием Суворова, защищали Крым и Болгарию. За эти заслуги они получали государево жалование и поместья. Самая яркая фигура рода — Пётр Аркадьевич Столыпин (1862–1911), министр внутренних дел и премьер-министр России, имя которого навсегда связано с аграрной реформой. Но родословная не ограничивается знаменитым реформатором. В Ленинградский мартиролог внесён Дмитрий Иванович Столыпин, родившийся в 1887 году в селе Белогорье Мокшанского уезда Пензенской губернии, а Книга памяти Новгородской области хранит сведения о юрисконсульте Иване Николаевиче Столыпине (1895 года рождения) из Санкт-Петербурга. Эти записи напоминают, что фамилия бытовала не только в высшем свете, но и в среде сельских жителей и городских служащих.

Суффикс -ин в фамилии указывает на принадлежность: Столыпин — сын Столыпы, потомок человека с таким прозвищем. Это одна из самых древних и распространённых моделей русских фамилий, которая закрепилась в XV–XVII веках. Впрочем, процесс формирования фамилий был длительным, и одна и та же основа в разных местностях могла давать самостоятельные, не связанные друг с другом роды. Поэтому говорить о едином происхождении всех Столыпиных можно лишь с оговоркой: часть из них, несомненно, принадлежит к известному дворянскому роду, другие же могли получить фамилию независимо, от того же прозвища в своей деревне. Точное время и место возникновения каждой конкретной ветви устанавливается только серьёзными генеалогическими изысканиями.