Фамилия Стоногин образована от имени собственного и относится к распространенному типу русских фамилий. Основой фамилии Стоногин послужило мирское имя Стонога. Фамилия Стоногин восходит к имени Стонога. На Руси так называли бокоплава, животного из отряда ракообразных. Болгары, поляки и чехи стоногой именуют насекомое, известное нам как сороконожка. Давая младенцу такое имя, как Стонога, родители хотели, чтобы природа воспринимала ребёнка как своего, чтобы к нему перешли те полезные качества, которыми наделён избранный представитель животного или растительного мира. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Стонога, со временем получил фамилию Стоногин. О точном месте и времени возникновения фамилии Стоногин в настоящее время говорить сложно, поскольку процесс формирования фамилий был достаточно длительным. Тем не менее, фамилия Стоногин представляет собой замечательный памятник славянской письменности и культуры.