Фамилия Стоногина — женская форма фамилии Стоногин. В основе её лежит прозвище, которое, на первый взгляд, кажется простым, но при ближайшем рассмотрении открывает неожиданные смыслы.

Корень фамилии — «стоног-». Самая очевидная версия связывает его с глаголом «стонать» и словом «нога». Прозвище Стонога могли дать человеку, который часто жаловался на боль в ногах, хромал или имел тяжёлую походку, из-за чего постоянно охал и стонал. В русских говорах «стоногой» иногда называли и того, кто медленно, с трудом передвигался — например, пожилого или больного крестьянина.

Однако есть и другая, менее заметная гипотеза. В некоторых диалектах «стон» мог означать не только вздох боли, но и гул, шум. «Стонога» — возможно, прозвище человека с тяжёлой, гулкой поступью, чьи шаги были слышны издалека. Такое прозвище могло закрепиться за кузнецом, плотником или любым мастеровым, чья работа сопровождалась грохотом и топотом.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Стоногин — сын Стоноги, то есть потомок человека с этим прозвищем. Фамилия относится к древнему пласту русских фамилий, образованных от прозвищ, и встречается преимущественно в центральных и северных областях России. Географически она не привязана к одному региону, но по данным переписей чаще фиксировалась в Вологодской, Костромской и Нижегородской губерниях, что косвенно подтверждает её севернорусское происхождение.

Среди однокоренных фамилий — Стоногин, Стоногов, Стоноговский. Первые две более архаичны, третья могла возникнуть позже, под влиянием дворянской моды на фамилии с суффиксом -ский. В любом случае, Стоногина — редкая фамилия, и её носители могут с высокой вероятностью проследить свои корни к крестьянскому сословию, где прозвища давали по заметным внешним чертам или особенностям поведения.