Фамилия Стопор образована от прозвища Стопор, которое восходит к аналогичному существительному, имеющему значение «дельная вещь на парусном судне, представляющая собой скошенные металлические рифленые губки, которыми обычно зажимают части бегучего такелажа». Можно предположить, что основатель рода Стопор был моряком или судостроителем. Не исключено, что прозвище Стопор произошло от глагола «стопорить» в значении «замедлять». Тогда так могли назвать медлительного человека. В этом случае прозвище Стопор указывает на особенности характера родоначальника Стопор.