Фамилия Стусев — редкий пример, где прозвищная основа угадывается с трудом, а суффикс указывает на русскую патронимическую модель. Фамилия образована от личного имени или прозвища Стус с помощью типичного для центральной России суффикса -ев (вариант -ов после мягкой основы). Стус, в свою очередь, могло быть либо краткой формой от крестильного имени, либо самостоятельным прозвищем.

Самая вероятная версия связывает Стуса с диалектным глаголом «стусить» — струсить, оробеть. Тогда Стусом в старину могли прозвать человека робкого, нерешительного, либо, наоборот, дать такое прозвище в насмешку смельчаку. В северных и сибирских говорах «стус» означало ещё и «удар кулаком», «тумак», что допускает прозвище драчуна или задиры. Оба значения — психологическое и физическое — лежат в одной смысловой плоскости: прозвище давалось по поведению или по привычке.

Менее убедительна версия о происхождении от греческого имени Студий (Студиос) — «старательный», «прилежный». В русской традиции это имя встречалось в монашеской среде, но в крестьянской и мещанской среде почти не фиксировалось, а фамилии на -ев от него давали бы Студиев или Студьев, а не Стусев. Поэтому народное переосмысление редкого календарного имени в просторечное прозвище маловероятно.

Стусевы — фамилия недворянская, по всем признакам крестьянская или мещанская. В дореволюционных переписях она встречается в основном в южнорусских губерниях — Курской, Воронежской, а также у казаков на Дону. География указывает на то, что прозвище бытовало в среде, где ценились смелость и удаль, и «стусом» могли назвать как труса, так и драчуна — в зависимости от контекста. Современные носители фамилии рассеяны по всей России, но концентрация остаётся в Черноземье и на юге.