Фамилия Стусенко в своей основе имеет прозвище Стус, и здесь есть несколько версий, которые стоит разобрать по порядку. Самая распространенная и правдоподобная гипотеза связывает прозвище с украинским словом «стус», то есть «лентяй, лодырь». В этом случае фамилия указывает на характер предка: прозвища, данные по поведению или отношению к труду, на Руси и в Украине давали охотно, и они легко закреплялись за потомками. Менее убедительна версия, которая возводит прозвище к слову «стуцы» — «ключи»: смысловая связь туманна, и подтверждений у этой гипотезы почти нет.

Отдельно стоит рассмотреть возможность, что фамилия образована не от прозвища, а от имени. В украинской традиции уменьшительная форма Стусь могла возникнуть от мужского имени Анастасий. В переводе с греческого оно означает «воскресший», и имя это попало в православный именник благодаря святому преподобному мученику Анастасию Персиянину. Согласно преданию, Анастасий был воином, но, увидев чудеса от Святого Креста Господня, принесенного в Персию, крестился и принял монашество. Персы-язычники не одобрили такой поворот: после долгих пыток и истязаний Анастасий принял мученическую смерть за веру. История яркая, и имя в народе было известно, а его просторечные формы вроде Стуся или Стуса вполне могли стать основой фамилии.

Нельзя полностью исключать и происхождение от женского имени Анастасия. Но здесь важно понимать: фамилии от матери образовывались редко, обычно в тех случаях, когда ребенок рос без отца. Поэтому версия с мужским именем выглядит предпочтительнее, хотя и менее вероятна, чем связь с прозвищем «стус».

Суффикс -енко типичен для украинских фамилий и указывает на «сына» или потомка: Стусенко — буквально «сын Стуса». Такая модель образования была массовой в Поднепровье и на Левобережной Украине, где фамилии на -енко встречаются особенно часто. Со временем прозвище Стус, изначально присоединенное к наследственному имени, полностью заменило его и в повседневной жизни, и в официальных документах, закрепившись за родом в форме Стусенко.