Фамилия Субачюс — это яркий пример литовской фамилии, которая попала в русский контекст. В основе лежит балтское прозвище или имя. Скорее всего, корень суб- восходит к литовскому subas или subė, что означает «сухой, хилый, тощий» (человек) или, в переносном смысле, «ворчун, брюзга». В литовской антропонимике такие прозвища давали по внешности или характеру. Суффикс -юс (лит. -ius) — один из самых распространённых в литовских фамилиях, он указывает на принадлежность или носителя признака. Таким образом, Субачюс — это буквально «сын Субаса» или «тот, кто связан с Субасом», где Субас — исходное прозвище.

Географически фамилия Субачюс почти наверняка происходит из Литвы или из приграничных районов Беларуси и Польши, где исторически жили литовцы. В Российской империи такие фамилии часто записывали с русскими окончаниями, но Субачюс сохранил литовскую форму, что говорит о позднем оформлении или о том, что носитель фамилии не перешёл на русскую модель (как, например, Субачев или Субачов). Встречается она редко, и это типично для балтских фамилий, которые не получили массового распространения за пределами своего ареала.

С точки зрения словообразования интересно, что фамилия не содержит типичного славянского суффикса принадлежности (-ов, -ин). Литовский суффикс -юс выполняет ту же роль, что и русский -ов: он указывает на родство. Поэтому, если бы фамилия обрусела, она звучала бы как Субачёв или Субачов, но этого не произошло. Редкость формы Субачюс подсказывает, что предки носителя, скорее всего, были крестьянами или мещанами из этнической Литвы, сохранившими свою фамилию в неизменном виде при переезде или при записи в метрические книги.

Версия о происхождении от славянского корня суб- (например, от «суббота» или от какого-то ремесла) маловероятна: для славянских языков такое окончание нехарактерно, а литовская морфология даёт прямое и непротиворечивое объяснение. Поэтому основная гипотеза — это литовское прозвище по внешности или характеру, закреплённое в фамилии.