Фамилия Судко — редкий пример, где основа не бросается в глаза, но при этом почти наверняка связана с ремеслом или должностью. В ней слышен корень «суд», и это не случайно. Скорее всего, перед нами украинская или белорусская фамилия, образованная от прозвища Судко. Суффикс -ко в этих языках — типичный уменьшительный или принадлежностный, он превращал личное прозвище в фамилию сына: «Судко» буквально значит «маленький судья» или «сын Суды».

Прозвище Судко мог получить человек, имевший отношение к суду: не обязательно судья в высоком смысле, а, например, писарь, глашатай, помощник в судебной избе или даже тот, кто любил судить и рядить по-свойски. В древнерусских говорах «судко» фиксировалось как имя-прозвище: в новгородских берестяных грамотах встречается личное имя Судко, что подтверждает его хождение в качестве нецерковного имени. Таким образом, фамилия могла возникнуть прямо из имени, без промежуточного прозвища.

Географически фамилия Судко встречается в основном на западе России, в Беларуси и на Украине — там, где продуктивна модель на -ко. В русском центре и на севере её почти нет, что косвенно указывает на западнорусское или малороссийское происхождение рода. Вариант написания с ударением на последний слог (Судко́) типичен для украинских фамилий, хотя в русском языке ударение может плавать.

Интересно, что фамилия не перешла в стандартную русскую форму Судков — это говорит о её относительно поздней фиксации в документах или о сохранении исходной формы в среде, где суффикс -ко не заменяли на -ов. Если бы предок переехал в Великороссию, его потомки, скорее всего, стали бы Судковыми. Но Судко осталась без изменений — признак того, что носители долго жили компактно в своей языковой среде.

Других убедительных версий нет. Связь с «судном» (кораблём) маловероятна: для этого в прозвище был бы нужен корень «судн-», а не «суд-». Так что основная линия — судейская, пусть и на уровне деревенского или городского низового правосудия.