Фамилия Судоков — редкий пример, где за привычным окончанием -ов скрывается неочевидная основа. Самая вероятная версия связывает её с названием рыбы — судак. В русских говорах известна форма «судок»: так называли не только мелкого судака, но и вообще любую рыбу семейства окуневых. Прозвище Судок могли дать рыболову, торговцу рыбой или человеку, чем-то напоминавшему эту рыбу — например, худого и костистого сложения или с большими глазами. Суффикс -ов превратил прозвище в фамилию, отвечая на вопрос «чей сын?»: Судоков — сын Судока.

Менее распространённая, но тоже возможная версия — происхождение от географического названия. В России есть несколько рек с названием Судок (притоки Дона и Северского Донца), а также деревни Судоково в Тверской и Смоленской областях. В таком случае фамилия могла указывать на выходца из этих мест: «Судоков» — тот, кто родом с реки Судок или из Судокова. Однако для такой модели типичнее окончание -ский, поэтому версия с прозвищем выглядит убедительнее.

Словообразовательная модель у фамилии простая, но нестандартная. В отличие от массовых фамилий на -ов от канонических имён (Иванов, Петров), основа «судок» — нарицательное существительное, причём не от профессии, а от конкретного предмета. Это сближает Судокова с фамилиями вроде Ершов или Карасёв, но делает её более редкой: судак в прозвищах встречается реже, чем щука или окунь.

Фамилия почти не встречается за пределами России. По данным переписей, основные очаги — центральные области и Поволжье. Встречаются варианты написания Судоков и Судоковъ (до реформы орфографии). Ударение, скорее всего, падает на второй слог: Судо́ков — так сохраняется ударение исходного слова «судо́к».

Исторические источники не сохранили сведений о дворянских родах Судоковых. Фамилия, судя по всему, крестьянская или мещанская, что типично для «рыбных» прозвищ. В XIX веке её носители могли быть государственными или помещичьими крестьянами в центральных губерниях.