Фамилия Сугоняева образована от мужской формы Сугоняев. Её основа — прозвище Сугоняй, а суффикс -ев указывает на принадлежность: буквально «сын Сугоняя». В русских фамилиях это одна из самых распространённых моделей, характерная для большинства некняжеских родов.

Корень прозвища — глагол «гонять» с приставкой «су-», которая в древнерусском языке имела значение совместности или интенсивности действия. «Сугоняй» — человек, который гоняет вместе с кем-то или, что вероятнее, постоянно, без устали. В словарях русских народных говоров слово «сугоняй» зафиксировано в значении «погонщик», «тот, кто гонит скот». Это прямо указывает на занятие предка: он мог быть пастухом, гуртовщиком или возницей, перегонявшим лошадей или крупный рогатый скот на дальние расстояния.

В ономастической литературе фамилия не относится к числу широко распространённых. Она встречается преимущественно в центральных и южных областях России, особенно в Рязанской, Тамбовской и Воронежской губерниях, где скотоводство и перегон скота были обычным промыслом. География подкрепляет версию о профессиональном происхождении.

Существует и другая, менее убедительная гипотеза: прозвище могли дать за характер — «сугоняй» как суетливый, торопливый человек. Однако в говорах такое значение не зафиксировано, а большинство прозвищ, образованных от глаголов движения, отражали именно ремесло, а не черту личности. Поэтому версия с погонщиком скота выглядит предпочтительнее.

Фамилия сохранила архаичную приставку, которая в современном русском языке почти исчезла из живого словообразования. Это делает её интересным примером того, как прозвище, данное по работе, превратилось в наследственное родовое имя.