Фамилия Сугонякина — женская форма фамилии Сугонякин, и её разговорная, почти «домашняя» основа сразу выдает прозвищное происхождение. В отличие от множества фамилий, образованных от крестильных имён (Иванов, Петров), эта явно родилась из уличного прозвища, причём такого, которое не встретишь в официальных документах XVII века — слишком оно просторечное.

Корень здесь — глагол «сугонять» (или «сугнать»), что в русских говорах означало «догнать, настигнуть, успеть». В словаре Владимира Даля «сугонять» — догонять, а «сугон» — погоня, преследование. Прозвище Сугоняка, от которого и пошла фамилия, могли дать человеку по двум разным причинам. Первая: он был неугомонным, везде поспевал, всех нагонял — либо в работе, либо в спорах. Вторая: прозвище могло закрепиться за тем, кто сам часто убегал или, наоборот, постоянно кого-то догонял (например, за непоседливым ребёнком или за расторопным работником). В любом случае, в основе лежит не имя, а живая черта характера или поведения.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей сын?» — Сугонякин, то есть сын Сугоняки. Такая модель типична для северных и центральных областей России, где прозвища на -а, -я образовывали фамилии именно через -ин, а не через -ов. Сравните: Молчанов (от Молчан) и Сугонякин (от Сугоняка). В южных и восточных регионах ту же основу могли бы превратить в Сугоняков, но форма Сугонякина — характерно «северная» или «московская» по словообразованию.

Встречаемость фамилии невысокая, что говорит о её локальном происхождении. Скорее всего, предки носителей фамилии жили в одном из регионов, где слово «сугонять» было в ходу — например, в Поволжье или на Русском Севере. Среди однокоренных фамилий — Сугоняев (от «сугоняй», повелительная форма), но Сугонякин стоит особняком: его основа — не глагольная команда, а прозвище-существительное, что делает её более «личной» и конкретной.

Сегодня фамилия Сугонякина нередко вызывает удивление из-за своей необычности, но для ономастики это ценный пример того, как русская речь фиксировала бытовые детали: погоня, скорость, характер — и превращала их в родовое имя.