Фамилия Сугонякин — редкий случай, когда прозвище, лёгшее в основу, сохранилось почти без изменений. В ней отчётливо слышится глагольная основа «сугонять» — просторечная форма от «сгонять», то есть «гнать, прогонять, выгонять». Скорее всего, Сугонякой в старину называли человека, который выполнял такую работу: пастуха, загонявшего скот, либо, напротив, того, кто отгонял чужих животных с поля или со двора. В словаре русских народных говоров слово «сугонять» зафиксировано в значении «сгонять в одно место», что подтверждает связь с пастушеским делом.

Модель образования проста: прозвище Сугоняка (с суффиксом -як-, характерным для лиц по действию) дало основу, а к ней добавился фамильный суффикс -ин. Такая модель типична для центральных и северных регионов России, где фамилии на -ин нередко возникали от прозвищ, оканчивающихся на -а/-я. В отличие от фамилий на -ов, которые чаще образовывались от имён и прозвищ на твёрдый согласный, -ин указывает на основу с мягким или шипящим окончанием: Сугоняк-а — Сугоняк-ин.

Поскольку фамилия не дворянская и не священническая (у тех преобладали модели на -ский и -цкий), Сугонякины, скорее всего, происходят из крестьян или посадских людей. Прозвище Сугоняка могло закрепиться за человеком не только по роду занятий, но и по характеру — настойчивым, «гонящим» до конца. В говорах встречается и слово «сугон» — «погоня, преследование», так что прозвище могло означать «неотвязчивого, упорного».

Встречаемость фамилии крайне низкая. По данным переписей и телефонных справочников, основные очаги — Нижегородская область и прилегающие районы Поволжья. Там сохранились говоры, где приставка су- (вместо с-) была обычной: сугнать, сугонять. Это дополнительно указывает на локальное происхождение фамилии — она могла возникнуть именно в тех местах, где такая форма глагола была нормой.

Ударение в фамилии, судя по произносительной традиции, падает на третий слог: Сугоня́кин. Встречающийся изредка вариант Сугоняки́н (с ударением на последний слог) — скорее всего, результат влияния фамилий на -и́н, но исторически верным считается ударение на корень.