Фамилия Сухонис — редкий случай, когда прозвище перешло в фамилию в почти неизменной форме, сохранив иноязычный суффикс. В русском ономастиконе такие образования встречаются нечасто, и их происхождение почти всегда связано с западными или южнославянскими влияниями.

Основа фамилии — прилагательное «сухой» в значении «худощавый, тощий» или, реже, «черствый, необщительный» человек. К этой основе добавился суффикс -онис, который явно не русский. В славянских языках он характерен для польских и белорусских фамилий (сравните: Маконис, Явонис). В польском суффикс -oń (читается как «-онь») и его вариант -onis — это уменьшительная или прозвищная форма. Таким образом, Сухонис — это «сухонький», то есть худой человек.

Вероятнее всего, фамилия сформировалась на территории бывшего Великого княжества Литовского (современные Беларусь, Литва, восточная Польша) и пришла в русскую среду вместе с носителями, которые либо обрусели, либо были записаны в документы с сохранением исходного написания. Менее правдоподобна версия о греческом корне: в греческом -онис встречается в фамилиях (например, Пападонис), но сочетание «сухой» с таким суффиксом нехарактерно.

Словообразовательная модель проста: прозвище Сухоня (или Сухонь) → с польским суффиксом -is → Сухонис. Фамилия недворянская, скорее всего, крестьянская или мещанская, бытовавшая в западных губерниях Российской империи. Встречается она и сегодня, но крайне редко, в основном на юге России и в Краснодарском крае, куда могла попасть с переселенцами.

Единственная деталь, которая отличает эту фамилию от десятка похожих: она не даёт однозначного ответа, был ли предок просто худым или его прозвали «сухим» за характер. В пользу второго говорит то, что прозвища на -онь в польской традиции часто давали не столько за внешность, сколько за поведение — «сухарь», нелюдимый человек.