Фамилия Сунагатова — редкая и территориально привязанная, скорее всего, к Волго-Уральскому региону или сибирским татарам. Её основа — тюркское мужское имя Сунагат (Сонагат, Сунугат). В татарском и башкирском именословах имя восходит к арабскому «сунагат» (صنعة) — «мастерство», «ремесло», «искусное дело». Встречается вариант со значением «умелец», «искусник». Имя давали с пожеланием, чтобы ребёнок вырос мастером своего дела.

Суффикс -ов в фамилии указывает на русскую модель оформления: «чей?» — сын Сунагата. Но в данном случае окончание -а (Сунагатова) выдаёт женскую форму, а мужской вариант — Сунагатов. Фамилия могла попасть в русские документы через метрические книги или ревизские сказки, где инородцев записывали по отчеству-патрониму.

Есть и менее вероятная версия: связь с диалектным тюркским словом «суна» (у некоторых народов — «выдра», «бобр», в переносном смысле — проворный, ловкий). Но имя Сунагат как цельная основа встречается в ревизиях XIX века у казанских и оренбургских татар, а также у башкир, что делает объяснение через имя основным.

Географически носители фамилии сегодня сосредоточены в Татарстане, Башкортостане, Оренбургской и Челябинской областях. Встречаются единичные случаи у казахов (как русифицированная форма от Сунагат). Сословно предки, скорее всего, были государственными или ясачными крестьянами, реже — торговцами. Фамилия не дворянская и не священническая.

Коротко: Сунагатова — от тюркского имени Сунагат («мастер»), с русским окончанием -ов. Носители — потомки умельцев из татарской или башкирской среды, живших в Приуралье.