Фамилия Супина — женская форма, а её носительницы, скорее всего, имеют родственников-мужчин с фамилией Супин. В основе лежит прозвище или нецерковное имя Супа. Разбирать её стоит с суффикса: -ин указывает на принадлежность («чей?» — Супин), то есть «сын Супы» или «человек из семьи Супы». Это типичная модель для русских фамилий, образованных от прозвищ на -а/-я.

Само слово «супа» в русских говорах — неоднозначное. В одних регионах так называли вялого, медлительного человека, в других — неряху или растяпу. Встречается и диалектное значение «суп» (жидкое кушанье), но прозвище от названия еды маловероятно: фамилии от пищи обычно давали либо торговцам (например, Калашников), либо по очень яркой внешней черте. Версия с «супой»-неряхой выглядит правдоподобнее — такие прозвища давали по поведению или неопрятности.

Есть и более редкая гипотеза: связь с глаголом «супить» (хмурить, морщить). В этом случае Супой могли прозвать угрюмого, насупленного человека. Но у фамилии нет суффикса -л- (как в Супилин), поэтому версия с прозвищем от характера (неряха или угрюмый) остаётся основной.

Географически фамилия Супин встречается нечасто, преимущественно в центральных и северных областях России — в Вологодской, Кировской, Костромской. Это говорит о том, что прозвище бытовало в северных и среднерусских говорах, а не на юге или в Сибири.

Если сравнивать с однокоренными — Супрун, Супрунов — здесь корень другой (от имени Супрун, вариант Софрона). Супин же стоит особняком: у него нет связи с церковными именами, это чисто бытовое прозвище. В словаре Б. Унбегауна «Русские фамилии» модель на -ин от прозвищ с конечным -а описана как одна из древнейших, и Супин — её характерный, хоть и нечастый, пример.