Фамилия Сусаенкова — женская форма фамилии Сусаенков, и её происхождение напрямую связано с мужским именем или прозвищем Сусай. Основа здесь — не церковное, а обиходное имя, которое, скорее всего, образовано от глагола «сусать» или «сусолить». В русских говорах эти слова означали «сосать», «тянуть жидкость», «медленно пить», а также «пачкать слюной» или «делать что-то неспешно, вяло». Человек, получивший прозвище Сусай, мог быть медлительным, любителем выпить, или же так называли ребёнка-сосунка.

Модель образования фамилии — суффиксальная: к основе Суса- (от Сусай) добавили суффикс -енк-, характерный для украинской и южнорусской ономастики. В украинском языке суффикс -енко означает «сын» или «потомок» (Сусаенко — «сын Сусая»), а в русской традиции он перешёл в фамилии жителей южных областей, например, Курской, Воронежской, Белгородской губерний. Финальное -ов превратило украинскую модель в русскую фамилию: Сусаенко → Сусаенков. Таким образом, предок носительницы фамилии мог быть выходцем с юга России или Украины, где прозвища на -ай были особенно распространены.

Встречаются и альтернативные версии. Иногда корень «сус-» связывают с тюркскими или финно-угорскими основами, но для фамилии Сусаенкова это маловероятно: прозвища от глагола «сусать» фиксируются в русских писцовых книгах XVII века, например, крестьянин Сусай упоминается в документах по Рязанскому краю. Географически фамилия сегодня чаще всего встречается в Курской, Орловской и Липецкой областях, что подтверждает её южнорусские корни.

Интересная деталь: фамилия Сусаенкова — одна из тех, где женская форма сохранила исходное ударение на втором слоге (Суса́енкова), что нетипично для многих русских фамилий на -ова, где ударение часто смещается на первый слог. Это говорит о том, что фамилия не подверглась сильной адаптации в литературном языке и бытует в основном в регионах своего происхождения.