Фамилия Сысалина — женская форма фамилии Сысалин, а та, в свою очередь, образована от мужского прозвища или имени Сысаля. Чтобы понять корни, нужно разобрать суффиксальную модель: суффикс -ин указывает на принадлежность («чей?»), то есть Сысалин — это сын или потомок Сысали. Такая модель типична для северных и центральных областей России, где фамилии на -ин широко распространены.

Основа Сысаля — тёмная и редкая. Вероятнее всего, это диалектное или уменьшительное имя. В русских говорах слово «сысой» или «сыса» могло означать человека с необычной внешностью, возможно, с большими глазами или навыкате (от тюркского «сиса» — глаз, или от греческого имени Сисой). Есть и другая версия: Сысаля — это просторечная форма канонического имени Сисой, которое в святцах встречается у нескольких раннехристианских святых. В народе имя Сисой переделывали в Сысой, а от него образовывали ласкательные формы вроде Сысаля.

Географически фамилия Сысалин встречается в основном в Поволжье и на Урале, что подтверждает её русское, а не инородческое происхождение. Если ваш предок носил прозвище Сысаля, он мог быть либо человеком с выразительными глазами, либо носителем редкого церковного имени в бытовом пересказе. Вариант с тюркским корнем менее вероятен, так как в таком случае фамилия звучала бы иначе (например, Сысаев или Сысанов).

В написании «Сысалина» обращает на себя внимание буква «ы» в начале корня — это говорит о древности ударения на первый слог (Сысаля, Сысалин). Если бы ударение падало на второй слог, фамилия могла бы писаться через «и» (Сисалин), но закрепился именно вариант с «ы», что характерно для старых русских фамилий, не прошедших через книжную норму. Сословно фамилия, скорее всего, крестьянская или посадская; дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано.