Фамилия Сысалятин — редкий случай, где суффикс говорит о происхождении больше, чем корень. Формант -ин указывает на принадлежность: Сысалятин — это «сын Сысаляты». Такой способ образования типичен для северных и центральных русских говоров, где прозвища и имена на -ята (-ятин) обозначали потомка или молодого человека. То есть основа фамилии — не Сысал, а именно Сысалята.

Корень Сысал- может восходить к диалектному глаголу «сысать» — в некоторых говорах так называли сосать, чавкать, а иногда и говорить невнятно, шепелявить. Прозвище Сысаля, а затем Сысалята, могли дать ребёнку, который плохо выговаривал слова, или взрослому с похожей манерой речи. В ономастике это типичная модель: звукоподражательные или физиологические признаки часто становились основой для прозвищ и фамилий.

Вторая версия, менее вероятная, связывает корень с тюркским «сысал» — так в некоторых тюркских языках называли тихого, скромного человека. Но русская суффиксальная модель -ята/-ятин для тюркских заимствований нехарактерна, поэтому версия с местным диалектным словом выглядит убедительнее.

Географически фамилия Сысалятин тяготеет к северо-востоку европейской части России — встречается в старых записях Вятской и Пермской губерний. В этих краях суффикс -ята был особенно распространён: отсюда же фамилии типа Корякин, Ширякин, Малякин — все они образованы от форм на -ята. Сысалятин стоит в одном ряду с ними, но сохранил более архаичное звучание.

Социально фамилия, скорее всего, крестьянская. В среде духовенства или дворянства такие «прозвищные» фамилии на -ин с неясным корнем почти не встречались — там предпочитали семинарские или топонимические модели. Так что предки носителя фамилии, вероятно, были крестьянами, получившими фамилию по уличному прозвищу предка.