Фамилия Сюняева образована от мужского имени или прозвища Сюняй. Это разговорная, народная форма какого-либо полного имени, и здесь есть два основных варианта происхождения. Первый и самый вероятный: Сюняй — это производное от крестильного имени Сисой (в русском просторечии часто звучало как Сюсой). Второй вариант — от имени Семён (в диалектах — Сюма, Сюня). В обоих случаях суффикс -яй характерен для ласкательных или обиходных прозвищных форм в северных и центральных говорах.

Фамильный суффикс -ев указывает на принадлежность: Сюняев — буквально «сын Сюняя», «из семьи Сюняя». Это типичная модель русских фамилий, закрепившаяся в XVI–XVII веках. Поскольку основа Сюняй нецерковная и недворянская, носители фамилии происходили из крестьян, посадских людей или однодворцев. Географически фамилия тяготеет к Поволжью и северо-востоку — в переписях XVII–XVIII веков Сюняевы встречаются в Вятском крае, Пермской губернии и в низовьях Волги, где оседали переселенцы.

Интересная деталь: в некоторых говорах слово «сюня» означало «соня», «вялый человек». Но маловероятно, что фамилия пошла напрямую от этого нарицательного слова — скорее, совпадение звучания. В ономастике известен пример из работы Б. Унбегауна: он относит подобные формы к «усечённым» вариантам крестильных имён, где конечный -ай заменяет более длинное имя.

Таким образом, Сюняева — фамилия с прозрачной внутренней формой: она говорит о предке, которого в быту звали Сюняем. Это не редкая, но и не частая фамилия, сохранившая живую народную основу, уходящую корнями в допетровскую эпоху.