Фамилия Сюнягин образована по стандартной русской модели от прозвища или имени Сюняга. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «сын Сюняги». Основа Сюняг- — это производное от личного имени или прозвища Сюня, которое, в свою очередь, восходит к крестильному имени Сюня.

Здесь возможны две версии. Первая: Сюня — уменьшительная форма от имени Сюсюй (Сисой) или от Сильвестр. В русской народной традиции такие сокращения были обычны: Сюня, как Ваня, Петя, Саня. Вторая версия связывает Сюню с диалектным словом «сюня» — так в некоторых говорах называли плаксу, нюню, человека сонного или медлительного. Прозвища по характеру давали часто, и Сюняга могло означать «тот, кто сюсюкает» или «вялый, размазня». Эта версия выглядит правдоподобнее, потому что суффикс -яг- (-аг-) в русских фамилиях (типа Пузяга, Верняга) как раз добавляет экспрессивный, часто пренебрежительный оттенок.

Фамилия редкая, географически привязана к центральным и северным областям России. Встречается в основном в Нижегородской, Костромской, Ивановской областях. Сюнягины — скорее всего, потомки крестьян или посадских людей, получивших фамилию по прозвищу предка. В дворянских родословных книгах эта фамилия не значится, что подтверждает её простонародное происхождение.

Интересно, что фамилия сохранила архаичную форму с суффиксом -ин, хотя основа оканчивается на -а. В современном русском языке такие фамилии склоняются как обычные: Сюнягин, Сюнягина. Если сравнивать с однокоренными, можно вспомнить фамилию Сюсин (от Сюся, той же основы) — она встречается чаще, но механизм образования тот же. Сюнягин — наглядный пример того, как редкое прозвище, закрепившись за одним человеком, дошло до наших дней почти без изменений.