Фамилия Сызганцев — редкий случай, когда географическое название легло в основу прозвища, а затем и фамилии, почти без изменений. Её ядро — топоним Сызган. Так называется река в Ульяновской области и несколько населённых пунктов (Сызган, Старый Сызган, Новый Сызган). Человека, который жил на этой реке или пришёл из этих мест, земляки могли называть Сызганец — «житель с Сызгана». Суффикс -ец в таких прозвищах указывал на происхождение: вспомните «тамбовец», «волжанин», но здесь форма именно с -ец. От прозвища Сызганец по обычной модели образовалась фамилия Сызганцев: суффикс -ов добавили, чтобы указать на принадлежность роду Сызганца.

Главная особенность этой фамилии — полная сохранность корня. В отличие от многих «географических» фамилий, где топоним успел обрасти дополнительными суффиксами (например, Вяземский от Вязьма), здесь основа осталась нетронутой. Это говорит о сравнительно позднем оформлении фамилии, скорее всего, не раньше второй половины XVIII — XIX века, когда крестьянам массово давали фамилии по месту жительства. В официальных документах могли записать просто «Сызганцев», минуя стадию уличного прозвища.

Сам гидроним Сызган имеет тюркские корни. Наиболее вероятное объяснение — от татарского «сызык» (граница, рубеж) или от «сыз» (влага, сырость). Река могла быть пограничной между землями или просто болотистой. Таким образом, предок Сызганцевых был, скорее всего, государственным или помещичьим крестьянином из Среднего Поволжья, переселенцем с берегов одноимённой реки.

Встречается фамилия почти исключительно в Поволжье и на Урале — в тех регионах, куда шли потоки миграции из Симбирской и соседних губерний. Носителей мало, поэтому при поиске предков стоит обращать внимание на метрические книги сел вокруг реки Сызган — именно там, а не в столицах, с наибольшей вероятностью найдутся первые документальные упоминания этой фамилии.