Фамилия Такинина — редкий пример, где женская форма закрепилась в документах чаще мужской. В русской традиции фамилии на -ин образуются от основ, оканчивающихся на -а или -я: Такина → Такинин → Такинина. Но если бы исходной была мужская фамилия Такинин, то её женский вариант выглядел бы так же. Поэтому искать корень нужно в мужском прозвище или имени Такиня, Такина, либо в фамилии Такин.

Основа «Так-» многозначна. Самое прямое объяснение — от тюркского «так» (одинокий, единственный, а также твёрдый, крепкий). В диалектах Поволжья и Сибири «так» могло означать «точь-в-точь», «именно так», и такое прозвище давали человеку точному, аккуратному или упрямому. Вторая версия — от крестильного имени Такия (женская форма от Такий, греч. «боголюбивый»), которое встречалось в святцах, но было редким. Третья, менее вероятная, — от глагола «такать» (говорить «так», поддакивать), но тогда фамилия скорее звучала бы как Такалкин или Такалов.

Географически фамилия Такинина тяготеет к северным и вологодским областям, где встречаются фамилии с суффиксом -ин от прозвищ на -я. В переписях XIX века Такинины записаны среди государственных крестьян Вологодской губернии. Мужская форма Такинин фиксируется в Соликамском уезде Пермской губернии. Редкость фамилии говорит о том, что родоначальник был либо единственным носителем прозвища в своей волости, либо фамилия возникла поздно, в XIX веке, когда крестьянам массово присваивали фамилии по отцу.

Словообразовательная модель проста: суффикс -ин указывает на принадлежность («чей?» — Такинин), а окончание -а — на женский род. В современном русском языке фамилия склоняется как прилагательное: Такининой, Такинину. Ударение, скорее всего, на втором слоге: Таки́нина, хотя в диалектах возможно смещение на первый.