Фамилия Таркнаева почти наверняка образована от прозвища Таркнаев, которое давали человеку по месту его прежнего жительства. Основой послужил топоним Таркн — так называется старинное село, расположенное в наши дни практически в черте Махачкалы, столицы Дагестана. Выходец из этого населенного пункта получал прозвище Таркнаев, а его потомки со временем закрепили это именование как родовое, передав его в форме фамилии.

Сама модель образования типична для русской и многих северокавказских ономастических традиций: к географическому названию добавлялся суффикс принадлежности, указывающий на связь с местом. В данном случае суффикс -ев (после мягкого согласного н) выполняет функцию притяжательного падежа, отвечая на вопрос «чей?» — то есть «сын того, кто родом из Таркна». Аналогичным образом в разное время возникали фамилии от названий других сёл и городов, когда переселенца идентифицировали не по ремеслу или личным качествам, а по тому, откуда он пришёл.

Исторический контекст добавляет этой версии вес. Таркн (в русской дореволюционной традиции чаще Тарки) — один из древних населённых пунктов Дагестана, известный с раннего средневековья. Село находилось на важных торговых путях, а его жители активно взаимодействовали с русским населением, особенно после вхождения региона в состав Российской империи. Поэтому неудивительно, что прозвище, а затем и фамилия Таркнаев могла закрепиться за семьёй, которая перебралась из Таркна в другой регион, сохранив в фамилии память о малой родине предков.

Впрочем, процесс формирования фамилий был длительным и многослойным. Точно определить, когда именно и где произошло закрепление фамилии за конкретным родом, можно лишь в ходе серьёзных генеалогических изысканий: работы с архивными метрическими книгами, ревизскими сказками и исповедными ведомостями. Без таких документов любая версия, включая топонимическую, остаётся наиболее вероятной, но не единственно возможной гипотезой.

Сама фамилия звучит непривычно для русского уха, что указывает на её региональное происхождение. Она не встречается в центральных губерниях России, а её распространение связано преимущественно с Северным Кавказом и теми областями, куда мигрировали выходцы из Дагестана. В современном написании фамилия чаще фиксируется в форме Таркнаева (женский род) и Таркнаев (мужской), что соответствует стандартной русской грамматической модели склонения.