Фамилия Тимошников — наглядный пример того, как в русской ономастике уменьшительное имя обрастает фамильным суффиксом. Её основа — Тимошник, а не напрямую имя Тимофей. Разница существенная: Тимошник — это не просто «маленький Тимоша», а человек, которого так называли в быту, скорее всего, в кругу семьи или в деревенском обиходе. Суффикс -ник здесь не уменьшительно-ласкательный, а скорее указывает на принадлежность или характерное свойство (сравните: грешник, должник, труженик). Иными словами, Тимошник — «тот, кто имеет отношение к Тимоше»: сын, слуга, работник.

Само имя Тимофей (греч. «почитающий Бога») было на Руси одним из самых распространённых, поэтому и производных от него фамилий множество: Тимофеев, Тимохин, Тимошин, Тимошкин. Тимошников стоит в этом ряду особняком из-за редкой модели образования. Если Тимофеев — прямая отчество от полного имени, а Тимошин — от краткой формы Тимоша, то Тимошников — это уже «вторая ступень»: отчество от прозвища, которое само произошло от имени.

Географически фамилия тяготеет к северным и центральным губерниям России. В переписных книгах XVII века встречаются крестьяне и посадские люди с прозвищем Тимошник, особенно в Вятском и Архангельском краях. В этих местах была сильна традиция называть человека не по отцу, а по семейному или уличному прозвищу, которое затем закреплялось за потомками.

Суффикс -ов указывает на типичную русскую модель притяжательного прилагательного: «чей?» — Тимошников, то есть сын Тимошника. Фамилия недвусмысленно крестьянская или мещанская: дворянские роды с таким окончанием редки, а сама основа слишком «бытовая» для аристократии. Носитель фамилии Тимошников в XIX веке с высокой вероятностью был государственным или помещичьим крестьянином, возможно, ремесленником или торговцем, но точно не из высшего сословия.