Фамилия Тишакин образована по одной из самых распространённых в русском языке моделей: от прозвища или имени через суффикс притяжательного прилагательного -ин, указывающего на принадлежность: «чей?» — Тишакин, то есть сын или потомок Тишаки. Основа фамилии — слово «тишака». Так в старых русских говорах называли тихого, смирного, спокойного человека, неповоротливого или молчаливого. В словаре В. И. Даля «тишака» — это именно «тихоня» или «смирный человек». Прозвище давали не в обиду, а скорее по заметной черте характера: один из предков был человеком нешумным, медлительным, избегал ссор.

Морфологически фамилия прозрачна: корень «тиш-» (от «тихий»), суффикс прозвища -ак- (тиш-ак-а) и родовой суффикс -ин. Типологически это близко к фамилиям Молчанов, Тихонов, Смирнов, но Тишакин стоит особняком: суффикс -ак- в основе встречается реже, чем -ан- или -ун-. В ономастических работах Б. Унбегауна такие формы описаны как прозвищные, характерные для северных и центральных говоров.

Географически фамилия тяготеет к центральной России и Поволжью. В дореволюционных переписях Тишакины чаще всего записаны в крестьянской среде — в Тамбовской, Рязанской, Нижегородской губерниях. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано, что подтверждает её народное, бытовое происхождение. Альтернативная версия — что основа могла быть производной от неканонического имени Тиша (сокращение от Тихон), но суффикс -ак- в этом случае дал бы форму Тишаков, а не Тишакин. Поэтому прозвищная версия с «тишакой» убедительнее.

Есть и редкий вариант: в некоторых говорах «тишака» означало не только человека, но и предмет — например, тихий омут или затишье в лесу. Однако для фамилии такое значение маловероятно: прозвища по ландшафту обычно давали по-другому (Затихин, Омутов). Тишакин — это почти всегда о человеке, о его нраве.