Фамилия Тишаков образована от прозвища или нецерковного имени Тишак. Чаще всего так называли человека тихого, молчаливого и спокойного нрава. Такой вывод напрашивается сам собой, и он наиболее логичен: прозвища, данные по характеру, были широко распространены на Руси. Менее правдоподобна версия, возводящая основу к каноническому имени Тихон. Сторонники этой гипотезы считают Тишака просторечной производной формой этого имени, а само имя Тихон выводят от древнегреческого слова, означающего «удачливый». Однако для фамилий, образованных от полных церковных имен, чаще использовались другие уменьшительные формы, поэтому версия с прозвищем выглядит убедительнее.

Историк С. Б. Веселовский в своих трудах упоминает реальных носителей этого имени: Тишак Иван Игнатьевич Жеребцов, живший в конце XV века, и Тишак, крестьянин 1564 года из Олонецкого уезда. Эти записи показывают, что имя бытовало в разных слоях общества и в разных регионах — от служилых людей до крестьянства. Потомки человека по прозвищу Тишак со временем получили фамилию Тишаковы, закрепившуюся по стандартной модели с суффиксом -ов, указывающим на принадлежность к отцу.

Любопытно, что фамилия Тишаков стоит в ряду однокоренных «тихих» фамилий, таких как Тишков, Тишанин или Тихий. Но если последние чаще указывали на прямое качество характера, то форма с суффиксом -ак придавала прозвищу более фамильярный, бытовой оттенок. Встречается и вариант написания с одной буквой «с» — Тишаков, что соответствует нормам русской орфографии.