Фамилия Тишанинова образована от мужского крестильного имени Тихон, которое в переводе с греческого означает «удачливый». В основу легла производная форма имени — Тишаня. Так в народе называли Тихона, и именно эта форма, а не полное имя, закрепилась в фамилии. Подобный путь — от канонического имени к уменьшительной домашней форме и затем к фамилии — один из самых распространённых в русской ономастике.

Покровителем имени считается Тихон Задонский, которого верующие называют святителем и Задонским чудотворцем. Люди верили, что этот святой помогает избавиться от тягостей, бед и невзгод, а молва о творимых им чудесах закрепила за ним вторую часть имени. Скорее всего, основатель рода Тишаниновых был человеком из простого сословия: сложные составные фамилии на -ский чаще встречались у дворянства и духовенства, а вот уменьшительные формы имён в основе фамилий — типичная черта крестьянской и посадской среды.

Существует и другая гипотеза, объясняющая происхождение фамилии не от имени, а от прозвища. Согласно ей, Тишаня восходит к прилагательному «тихий» — «смирный, скромный, кроткий». В этом случае прозвище отражало особенности характера и поведения основателя фамилии. Обе версии не противоречат друг другу: форма Тишаня одинаково естественно звучит и как сокращение от Тихон, и как производное от «тихий». Однако версия с крестильным именем выглядит правдоподобнее: уменьшительные формы имён в основе фамилий встречаются значительно чаще, чем прозвища, совпавшие с ними по звучанию.

Фактически фамилия Тишанинова представляет собой отчество второго порядка. Сначала от имени Тишаня образовалось отчество Тишанин — так называли сына Тишани. Затем от этого отчества возникла следующая ступень: Тишанинов, то есть внук Тишани, сын Тишанина. Такая цепочка — Тишаня → Тишанин → Тишанинов — хорошо прослеживается в словообразовательной модели и объясняет, почему в фамилии два суффикса: -ин и -ов.

Форма Тишанинова — это женский вариант фамилии, который в русской традиции закрепился за женщинами, тогда как мужчины носили бы ту же фамилию в форме Тишанинов. В документах и бытовом употреблении окончание менялось в зависимости от пола носителя, что характерно для фамилий на согласный.