Фамилия Токтаева образована от мужского имени Токтай, которое имеет тюркские корни. В основе лежит слово «токта» (или «тукта»), означающее «остановись», «стой», «удержись». В прошлом такие имена-пожелания давали детям, чтобы уберечь их от болезней или несчастий, как бы «остановив» нежелательные события. Встречается и вариант толкования: «токта» — «сытый», «довольный», что тоже служило добрым пожеланием благополучной жизни.

Модель образования фамилии типична для тюркских народов, вошедших в состав России: к основе Токтай добавили русский патронимический суффикс -ев (вариант -ов после мягкого согласного) и родовое окончание -а. Так фамилия Токтаева закрепилась в женском роде, а мужской вариант — Токтаев. По сути, это отчество в третьем поколении: «дочь (или жена) Токтая».

Географически фамилия Токтаева чаще всего встречается у народов Поволжья и Урала — у татар, башкир, а также у казахов. В русских документах она могла появиться при переписях и учете нерусского населения, когда имя Токтай записывали как фамильное прозвище для целой семьи. Встречаются однокоренные фамилии: Токтаров, Токтамышев, Токтагулов — все они восходят к разным формам того же корня.

В отличие от многих фамилий на -ев, которые образованы от крестильных имен (Иван — Иванов), Токтаева сохраняет прямую связь с дохристианским, языческим по происхождению именем-оберегом. Это делает её ценным маркером для историков, изучающих быт и верования тюркских народов в XVI–XIX веках.