Фамилия Толкунуке звучит непривычно для русского уха, и это первый ключ к её происхождению. Скорее всего, перед нами не русская, а латышская или литовская фамилия. В балтийских языках суффикс -уке (-uke) — уменьшительно-ласкательный, часто образующий фамилии от личных имён или прозвищ. Основа «Толкун» здесь, вероятно, восходит к глаголу «толкать» или существительному «толкун» (тот, кто толчёт, мельчит что-то).

Если рассматривать балтийский вариант, то фамилия Толкунуке могла означать «маленький толкун» или «сын толкуна». Прозвище Толкун в крестьянской среде давали либо человеку с резкими, толкающимися движениями, либо работнику, занятому на толчее — например, на мельнице или в ступе для обработки зерна. В Латвии и Литве такие прозвища нередко переходили в фамилии с характерным окончанием.

Однако есть и другая, менее вероятная версия. В русских говорах слово «толкун» означало не только человека, но и насекомое-толкунца (мотылька, который роится и «толчётся» в воздухе). В таком случае прозвище могло достаться суетливому, непоседливому предку. Но суффикс -уке для русской фамилии совершенно нетипичен — в России такие формы встречаются разве что в западнорусских землях, граничащих с Прибалтикой.

Географически фамилия Толкунуке почти не встречается в современных российских базах данных, зато фиксируется в Латвии. Это подтверждает версию о латышском корне. Если предки носителя фамилии жили на территории бывшей Курляндии или Лифляндии, то фамилия образовалась по той же модели, что и, например, латышские фамилии Калнуке (от kalns — гора), Межуке (от mežs — лес). Социально это, скорее всего, фамилия крестьянина или ремесленника, а не дворянина — уменьшительные суффиксы в балтийской ономастике чаще присваивались простонародью.