Фамилия Томачкова — женская форма фамилии Томачков, которую носили потомки человека по имени Томачко. Это уменьшительно-ласкательная форма мужского имени Фома, известного по библейской истории. В арамейском языке, откуда пришло это имя, оно означало «близнец». У западных славян то же имя приобрело форму Томаш, а в народной русской традиции превращалось в разнообразные уменьшительные варианты, среди которых и Томачко.

Именно от этой обиходной формы и пошла фамилия. Суффикс -ко в имени указывает на простонародное, бытовое происхождение: так могли звать в семье, а не в официальных документах. Поэтому самую правдоподобную версию происхождения фамилии связывают с простым сословием. Основатель рода, скорее всего, не был дворянином или книжным человеком — его имя закрепилось в той форме, в какой его произносили домашние и соседи.

Сам образ Фомы в русской культуре двойственный. С одной стороны, это апостол, который усомнился в воскресении учителя, отсюда выражение «Фома неверующий», ставшее символом недоверчивого человека. С другой стороны, имя было распространённым и не несло отрицательного оттенка в быту. Прозвище Томачко могло принадлежать человеку с крепким, упрямым характером, но чаще это просто ласковое именование сына или младшего родственника.

Фамилия образована по стандартной для восточнославянских земель модели: к основе Томачко добавили притяжательный суффикс -ов, что означало «сын Томачко». Позже форма закрепилась как наследственная, и уже потомки, независимо от пола, стали носить фамилию Томачковы или Томачковы в женском роде — Томачкова.

Встречается фамилия преимущественно в регионах, где исторически было сильное западнославянское влияние и распространены имена типа Томаш: на западе России, в Беларуси и на Украине. Это согласуется с тем, что форма Томачко — промежуточное звено между русским Фомой и польско-чешским Томашем.