Томака, скорее всего, представляет собой просторечную форму имени Тома - диалектного варианта имени Фома, которое в переводе с греческого означает «близнец». Скорее всего, основатель рода Томакиных был человеком из простого сословия. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Томака, со временем получил фамилию Томакина.