Фамилия Томакина в своей основе почти наверняка хранит просторечную форму личного имени Тома — одного из народных, диалектных вариантов канонического имени Фома. В переводе с греческого это имя означает «близнец». Такие усечённые и смягчённые формы — Тома, Томак, Томаш — были обычны в крестьянской и посадской среде, где полное церковное имя в быту часто заменяли на более короткое и привычное для окружения.

Судя по модели образования, фамилия Томакина не могла возникнуть в дворянской среде: суффикс -ин указывает на притяжательное значение «чей?» — то есть «сын Томаки», «ребёнок Томаки». Такой тип фамилий массово складывался у простого сословия, прежде всего в северорусских и поволжских землях, где формы на -ин были особенно распространены. Основатель рода, человек по имени Томака, скорее всего, был крестьянином, ремесленником или мелким служилым человеком — именно в этих слоях прозвищные и уменьшительные имена закреплялись за потомками быстрее всего.

Интересно, что фамилия Томакина не единственная в этом гнезде: рядом стоят Томакин, Томаков, Томашев, Томилин — все они восходят к разным производным от того же Фомы. Но если Томилин образован от формы Томила, а Томашев — от польско-украинского Томаш, то Томака — это именно русская просторечная усечённая форма, которая реже попадала в документы и потому сохранила отпечаток живой разговорной речи. Встречается и мужская параллель — Томакин, и женская Томакина, что типично для фамилий, закрепившихся в семьях, где глава рода носил имя Томака.

Спорных версий здесь немного: некоторые исследователи допускают связь с тюркским корнем, но для этого нет убедительных оснований — фонетический облик и словообразовательная цепочка полностью укладываются в славянскую модель. Потомок человека по имени Томака, жившего, вероятно, в XVII–XVIII веках, со временем и получил фамилию Томакина, которая так и осталась напоминанием о том, что предок носил простое, тёплое, домашнее имя — Тома.