Фамилия Томаков — яркий пример того, как географическая привязка может заменить собой личное прозвище или имя. Вопреки первому впечатлению, её основа, скорее всего, не связана с именем Фома, хотя внешнее сходство очевидно. Главный ключ к разгадке — топоним Томаковка, хорошо известный на юге современной Украины.

Историческое село Томаковка (сейчас посёлок в Днепропетровской области) дало название целому ряду окрестных хуторов и урочищ. Именно от названия этого поселения и образована фамилия. Модель типична для южнорусских и украинских земель: сначала возникло прозвище Томак — «выходец с Томаковки», а затем, при закреплении фамилии, к нему добавился стандартный патронимический суффикс -ов, превративший Томака в Томакова. Так фамилия отвечала на вопрос «чей?» — сын Томака.

Существует и другая, менее вероятная версия. Она связывает фамилию с тюркским словом «томак» — так в некоторых тюркских языках называли валяную шерсть или войлок, а также безрукавку из него. В этом случае родоначальник мог быть скорняком или торговцем войлоком. Однако эта гипотеза слабее: на украинских землях, где фамилия фиксируется исторически, тюркские корни встречаются, но для фамилии Томаков топонимическое объяснение выглядит значительно убедительнее из-за существования реального населённого пункта.

Фамилия распространена в центральных и южных областях России, а также на востоке Украины. Встречается и вариант Томаковский — он уже прямо указывает на происхождение из конкретного места, минуя стадию прозвища. В дворянских родословных книгах Томаковы не значатся: это фамилия крестьянская, казачья или мещанская, что подтверждает её «географическое» происхождение — человеку давали фамилию по месту, откуда он пришёл на новое жительство.