Фамилия Томатин — редкий случай, когда суффикс сразу выдаёт регион происхождения. Если бы фамилия была Томатов или Томатинцев, её можно было бы связать с югом России или Украиной. Но суффикс -ин указывает на северный или центральный русский ареал: в древности так образовывали притяжательные прилагательные («чей?» — Томатин, то есть сын Томаты). Сама основа «Томата» — это не овощ, а разговорная форма крестильного имени Фома (от арамейского «близнец»). В русских говорах имя Фома нередко звучало как Хома, Фомаха, а на севере — как Тома, Томата. Так что Томатин — это «потомок Томаты», то есть Фомы.

Вторая версия, менее вероятная, но имеющая право на существование, — прозвищное происхождение. В псковских и новгородских говорах словом «томата» могли называть медлительного, вялого человека (от глагола «томить» — утомлять, мучить). Однако для прозвища такая форма редка: чаще использовали «Томило» или «Томный». Поэтому этимология через имя Фома выглядит убедительнее.

Географически фамилия Томатин встречается точечно: в основном в Вологодской, Архангельской и Костромской областях. Это типичный ареал северорусских фамилий на -ин, где отчества от уменьшительных имён закрепились раньше, чем на юге. В документах XVII века, например, в переписных книгах Важского уезда, встречаются крестьяне с именем Томатка — вероятный предок современных Томатиных.

Сравните с однокоренными фамилиями: Томатов (южнорусская, украинская), Томашев (польское влияние), Томилин (от Томило). Томатин стоит особняком: суффикс -ин при основе на -а делает её похожей на фамилии, образованные от женских прозвищ (как Марьин, Алёнин), но здесь это не так — основа мужская, просто имя склонялось по женскому типу. Такая словообразовательная модель характерна для древнего новгородского диалекта.

Социальный состав носителей, скорее всего, крестьянский или посадский. Дворянских родов Томатиных в родословных книгах не зафиксировано. Фамилия нечастотная: по данным современных телефонных справочников, в России её носят не более нескольких сотен человек, и почти все сосредоточены на Русском Севере.