Фамилия Томат — редкий случай в русском ономастиконе, и её происхождение неочевидно. В отличие от большинства русских фамилий, она не оканчивается на -ов, -ин или -ский, что сразу наводит на мысль об иноязычных корнях или позднем искусственном возникновении.

Первая и самая вероятная версия — прозвищное происхождение от названия овоща «томат». В русском языке слово «томат» закрепилось в XVIII–XIX веках (из итальянского pomodoro через французское tomate). Прозвище Томат могли дать торговцу овощами, огороднику, либо человеку с красным лицом или румянцем — по аналогии с цветом плода. Такие «растительные» прозвища были нередки: Репа, Огурец, Капуста. Фамилия могла закрепиться в форме Томат без суффикса, если прозвище прижилось как родовое имя в среде однодворцев или казачества, где фамилии часто имели упрощённую форму.

Вторая версия — искусственное происхождение в духовных училищах. В XIX веке семинаристам нередко давали фамилии по названиям растений, камней, добродетелей — для благозвучия. Томат могла получить семья, где отец был священником, а сыну при поступлении в семинарию «переделали» фамилию из более простой (например, Томатов) в латинизированную или «ботаническую». Прямых указаний на такую практику для этой фамилии нет, но модель типична.

Третья, менее вероятная гипотеза — связь с тюркскими языками. В тюркских языках есть слово tomаt (в значении «насыщение, полнота»), но оно редко становилось личным именем или прозвищем. Скорее всего, это случайное совпадение.

Географически фамилия Томат встречается точечно: единичные носители есть на юге России (Ростовская область, Краснодарский край) и в Украине — там, где огородничество и торговля овощами были основным занятием. В центральных регионах фамилия почти не фиксируется.

Словообразовательно фамилия стоит особняком: она не включает типичный русский суффикс принадлежности, а значит, либо сохранила форму чистого прозвища, либо была заимствована в готовом виде. Если бы фамилия образовалась стандартным путём, мы бы имели Томатов (сын Томата) или Томатин. Отсутствие суффикса — её главная загадка и отличительная черта.