Фамилия Томченко относится к распространенному типу украинских фамилий и образована от крестильного имени Томаш. Фамилия Томченко, скорее всего, образована от имени Томек (Томко), производной формы польского или чешского имени Томаш. Оно, в свою очередь, является аналогом библейского имени Фома, которое в переводе с арамейского означает «близнец». Покровителем этого имени является апостол Фома. Отсюда возникло выражение «Фома неверующий». Чередование согласных к/ч в фамилии Томченко и имени Томек объясняется историческими изменениями в языке. Поэтому Томченко буквально понималось как «сын Томки».