Фамилия Тонишев — редкий случай, когда в основе лежит не славянское имя или прозвище, а тюркское личное имя. Её ядро — имя Тониш, которое восходит к древнетюркскому «тонуш» (знакомый, приятель, друг). В прошлом так могли назвать ребёнка с пожеланием, чтобы он вырос общительным и имел много верных товарищей. Встречаются и варианты этого имени — Тоныш, Туныш, что подтверждает его восточное происхождение.

Суффикс -ев указывает на классическую русскую патронимическую модель: Тонишев буквально значит «сын Тониша». В русской среде фамилия закрепилась, скорее всего, через контакты с татарами, башкирами или другими тюркскими народами Поволжья и Приуралья. Именно там, в регионах с давним смешанным населением, подобные фамилии встречаются чаще всего.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями, то Тонишев стоит в одном ряду с Тониным, Тонькиным и Тонишиным. Но разница существенная: Тонин образован от уменьшительного Тоня (от Антон), а Тонишев — от самостоятельного тюркского имени. Это делает её отдельной, не связанной с христианским именем Антон.

Вариант написания с буквой «Ш» (а не «С») — Тонишев, а не Тонисев — тоже показателен. В тюркских языках звук «ш» в имени Тониш мягче и чётче, чем в русском аналоге, и фамилия сохранила исходное произношение. В дореволюционных метрических книгах можно встретить написание «Тонышев», через «ы», что ещё ближе к тюркскому оригиналу.

Социальный статус первых носителей, скорее всего, был крестьянским или мещанским. Фамилия не княжеская и не дворянская, а бытовая, возникшая в среде простых людей, где прозвище или уличное имя передавалось детям как фамилия. Никаких громких исторических личностей с этой фамилией не зафиксировано, что только подтверждает её корни в народной среде.