Фамилия Тонконожко произошла от прозвища Тонконогий, которое давали человеку с худыми, стройными ногами. Такие прозвища на Руси присваивали не в обиду, а как меткую бытовую характеристику, по которой человека легко узнавали в деревне. Прозвище указывало на внешние особенности предка, и со временем оно закрепилось как наследственное имя, полностью вытеснив прежнее родовое прозвание из повседневного обихода и официальных бумаг.

Украинский суффикс -ко в фамилии Тонконожко — уменьшительно-притяжательный, он типичен для восточноукраинских и южнорусских фамилий. Такой формант часто добавляли к прозвищам, чтобы обозначить потомка: Тонконожко буквально означает «сын Тонконогого». Сама основа фамилии восходит к словосочетанию «тонкие ноги», что роднит её с целым пластом «ногатых» фамилий, описывающих походку или телосложение: Долгоногов, Доброноженко, Куценогий, Толстоног, Толстопятов, Косоногов, Косолапов, Колченогов, Тихоходов.

Интересно, что фамилия Тонконожко встречается в основном на территории современной Украины и в южных регионах России, что подтверждает её происхождение в среде украинского казачества и крестьянства. В реестрах запорожских казаков и в метрических книгах Слобожанщины попадаются носители подобных прозвищ, хотя точных дат и имён первых Тонконожко история не сохранила. В отличие от фамилий, образованных от имён или профессий, прозвищные фамилии часто возникали стихийно и независимо в разных местностях, поэтому нельзя исключать, что несколько разных родов Тонконожко появились параллельно друг от друга.