Фамилия Тонковцева — женская форма фамилии Тонковцев, и её разбор стоит начать не с корня, а с модели образования. Перед нами редкий случай: фамилия на -цев, а не на более привычные -ов или -ин. Суффикс -цев указывает на принадлежность к человеку, чьё прозвище или имя оканчивалось на -ец. В данном случае основа — Тонковец. Это значит, что предок носительницы фамилии звался Тонковцем, а его дети стали Тонковцевыми.

Корень слова — «тонк-», связанный с прилагательным «тонкий». В русских прозвищах «Тонкий» или «Тонкой» могло означать не только худощавого человека, но и того, кто обладал тонким слухом, зрением или хитрым, изворотливым умом. Однако суффикс -овец вносит уточнение: Тонковец — это, скорее всего, выходец из места Тонково или Тонкая. Географические прозвища по названию деревни с суффиксом -ец (как Ростовец, Тверец) были распространены на Русском Севере и в центральных областях. Вероятно, предок Тонковцевых был переселенцем из селения с названием вроде Тонково (такие деревни есть, например, в бывшей Костромской и Вологодской губерниях).

Вторая версия, менее вероятная, но допустимая: прозвище «Тонковец» могли дать мастеру, работавшему с тонкими материалами — например, ткачу, выделывавшему тонкое полотно, или резчику по дереву. Однако в ономастике модель «прилагательное + -ец» чаще фиксирует именно территориальную принадлежность, чем профессиональную. Словарь Б. Унбегауна подтверждает, что фамилии на -цев в массе своей образованы от названий жителей местности.

Фамилия Тонковцева встречается нечасто, и её география тяготеет к центральным и северным регионам России. В писцовых книгах и ревизских сказках XVII–XVIII веков следов этой фамилии почти нет, что говорит о её относительно позднем оформлении — скорее всего, в XIX веке, когда крестьянам массово присваивали фамилии по прозвищам глав семей. Таким образом, Тонковцевы — потомки человека, которого в своей деревне или на новом месте знали как Тонковца, «того самого из Тонкова».