Фамилия Тонковская — это женская форма фамилии Тонковский, которая образована по географическому принципу. В русской ономастике суффикс -ск(ий) почти всегда указывает на связь с местностью: так называли дворян по названию родового поместья или, гораздо чаще, выходцев из сел и городов. Основа здесь — топоним Тонково или Тонковка. Названий с таким корнем в России несколько: например, деревня Тонково есть в Костромской, Ивановской, Вологодской областях, а село Тонковка — в Белгородской и Пензенской. Человек, переселившийся из такого места, получал прозвание «Тонковский» — то есть «тот, кто из Тонкова».

Корень «тонк-» в названиях поселений чаще всего связан с прилагательным «тонкий», но не в смысле худобы. В народной географической терминологии «тонкое место» — это низкое, болотистое, топкое; речка Тонкая могла быть мелкой или илистой. Другая версия — от фамильного прозвища Тонкой (Тонкий), которое давали человеку с острым слухом или зрением, либо, напротив, иронично — долговязому и слабосильному. Тогда Тонковский — это потомок такого Тонкого.

Исторически фамилия Тонковский встречается в документах с XVII века, особенно среди польской шляхты и малороссийской старшины. В Речи Посполитой было несколько шляхетских родов Тонковских, гербов Остоя и Ястржембец. После разделов Польши часть этих родов перешла в российское дворянство. В XIX веке фамилия фиксируется среди духовенства и мещанства центральных губерний — вероятно, семинаристы брали фамилию по месту рождения или по названию прихода.

Женская форма Тонковская закрепилась как обычная русская фамилия жены или дочери Тонковского. Носительницы этой фамилии могут иметь предков как из дворянской среды, так и из крестьян или духовенства — точное происхождение проясняется только по губернским архивам.