Фамилия Трафименко — яркий пример украинской модели фамилий на -енко, которая в XVII–XVIII веках распространилась по всей территории современной Украины и юга России. Суффикс -енко в украинской ономастике изначально имел значение «сын» или «потомок», то есть Трафименко — это «сын Трафима». В основе лежит крестильное имя Трафим, народная форма канонического имени Трофим (от греческого «трофимос» — питомец, воспитанник, кормилец). На украинской почве звук «ф» в заимствованных греческих именах часто заменялся на «хв», но здесь сохранился вариант с «ф», что говорит о возможном влиянии книжной или церковной традиции.

Географически фамилия тяготеет к центральным и восточным регионам Украины, особенно к Полтавщине и Черкащине, где фамилии на -енко особенно многочисленны. Встречается она и в Беларуси, куда попала с украинскими переселенцами. В России фамилия фиксируется в основном на Кубани и в Ростовской области — регионах массового переселения украинских крестьян в XIX веке.

Интересная деталь: в документах XVII–XVIII веков встречаются варианты написания — Трофименко, Трохименко и Трафименко. Первые два отражают полногласную форму имени (Трофим, Трохим), а третий — результат аканья, когда безударный «о» произносился как «а». Такие колебания в написании — обычное дело для фамилий, записанных со слов в эпоху, когда грамотность была редкостью, а единых орфографических норм не существовало.

Сословная принадлежность носителей фамилии типична для украинских фамилий на -енко: в основном это были казаки и крестьяне. В реестрах запорожского казачества и в метрических книгах сёл Левобережной Украины Трафименко встречаются как рядовые казаки, реже — как мещане. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано.

Если сравнивать с родственными фамилиями, то Трафименко стоит в одном ряду с Трофимовым (русская модель на -ов) и Трофименко (украинская, но от полной формы имени). Разница в суффиксах указывает не только на разную языковую среду, но и на время возникновения: фамилии на -енко в массе своей моложе русских на -ов, они активно формировались в период Гетманщины, когда на смену отчествам приходили наследственные фамилии.