В основе фамилии Трафимов лежит мужское крестильное имя Трафим - вариант имеи Трофим, которое в переводе с древнегреческого означает «кормилец». Чередование звуков о/а в основе имени связано с влиянием «акающих» говоров русского языка. Покровителем этого имени считается священномученик Трофим, сопровождавший святого апостола Павла во время третьего его апостольского путешествия. Он был родом из Эфеса и принадлежал к числу семидесяти апостолов. Вероятно, основатель рода Трофимовых был представителем высшего сословия. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Трафим, со временем получил фамилию Трафимов.