Фамилия Траханутов — редкая, но прозрачная по происхождению. Её основа — прозвище, а не крестильное имя, и образована она по самой распространённой русской модели: суффикс -ов добавляется к прозвищу, оканчивающемуся на согласный. Исходное прозвище — Траханут.

Корень здесь — глагол «трахнуть» в значении «ударить, стукнуть, грохнуть» или «выпить одним махом». Прозвище Траханут могли дать человеку за какую-то характерную черту: либо за крепкую руку и склонность к драке, либо за манеру пить — «трахнуть стакан» (то есть выпить залпом). В русских говорах, особенно южных и волжских, слово «трахнуть» бытовало именно в этих двух значениях. Менее вероятно, но не исключено, что прозвище закрепилось за шумным, резким в движениях или речи человеком.

Фамилия недвусмысленная и просторечная. В дворянскую или духовную среду она не попала — это типичная крестьянская или мещанская фамилия, возникшая в среде, где прозвища давали по поведению и привычкам без оглядки на благозвучие. Встречается она преимущественно в центральной России и Поволжье, где фиксировались носители с такой основой. Интересно, что у фамилии есть вариант Трахануткин — с суффиксом -ин, который присоединяется к основам на -а/-я. Оба варианта восходят к одному и тому же прозвищу, но Траханутов — более архаичная форма, где прозвище (Траханут) осмыслялось как мужское имя на твёрдый согласный.