Фамилия Трахан — редкая и неоднозначная с точки зрения происхождения. В отличие от большинства русских фамилий на -ов, -ев или -ин, она не имеет типичного «притяжательного» суффикса и сохранилась в форме, близкой к исходному прозвищу или имени. Это указывает на то, что перед нами, скорее всего, фамилия, застывшая в виде «голой» основы, что характерно для украинской, белорусской или южнорусской традиции (сравните: Шевченко, Бондарь, Коваль). В русском языке такие «неоформленные» фамилии нередко давали выходцам из этих регионов или фиксировали прозвище без изменений.

Самая прямая и правдоподобная версия ведет к тюркскому корню. Слово «трахан» (или «тарахан») в тюркских языках имеет значение «сильный», «могущественный», «почтенный», а также известно как титул «тархан» — привилегированное сословие, освобожденное от налогов. В древнерусских документах встречаются прозвища Тархан и Тарханов, а фамилия Трахан могла возникнуть из-за оглушения или упрощения звука (тархан > трахан). Предок-носитель такого прозвища мог быть либо выходцем из ордынской знати, либо русским человеком, получившим это прозвище за силу, удаль или богатство.

Вторая версия, менее вероятная, но имеющая место, — связь с диалектным глаголом «трахать» (в значении «бить», «стучать», «колотить»). В этом случае прозвище Трахан могли дать шумному, резкому человеку, плотнику или кузнецу. Однако эта версия слабее, так как глагол имеет ярко выраженную сниженную окраску, и в старину такие прозвища фиксировались редко и обычно с суффиксами (Трахалов, Трахин). Форма без суффикса скорее указывает на заимствованное имя.

Географически фамилия встречается в основном в южных областях России (Кубань, Ростовская область) и на Украине. Это косвенно подтверждает тюркскую версию: именно в этих местах исторически был силен контакт с татарами, ногайцами и черкесами. Встречаются единичные случаи в Сибири, куда фамилию могли занести переселенцы.

С точки зрения словообразования, фамилия Трахан стоит в ряду таких же «чистых» основ, как Булгак, Кочубей, Байда. Она не склоняется по падежам как прилагательное (Траханова, Трахану), а живет как существительное мужского рода. Это делает её неудобной для стандартной русской грамматики, но именно эта особенность — лучшая подсказка для этимолога: скорее всего, перед нами не переосмысленное русское слово, а древнее личное имя или титул, попавший в русскую среду из степи.