Фамилия Траханькова — женская форма фамилии Траханьков. Её основа не связана с глаголом «трахать» в современном просторечном значении: это слово вошло в обиход намного позже, в XIX–XX веках. Корень здесь — древнерусское прозвище или мирское имя Трахан, которое восходит к тюркскому «тархан» (tarxan). В тюркских языках тархан — это титул, означающий «знатный человек», «князь», «военачальник» или «свободный от податей». В Древней Руси слово «тархан» закрепилось в дипломатической и торговой лексике: так называли купцов, имевших особые привилегии, или послов, освобождённых от пошлин.

Фамилия образована по стандартной восточнославянской модели: к основе Трахан (в диалектном произношении — Трахань) добавили суффикс -к-, а затем патронимический суффикс -ов. Суффикс -к- в данном случае уменьшительный или принадлежностный: Траханько — «маленький Трахан» или «сын Трахана». Таким образом, Траханьков буквально означает «потомок Траханько», то есть внук или правнук человека, носившего прозвище Трахан.

В русских говорах форма с мягким знаком (Траханьков) встречается реже, чем вариант Траханков. Мягкость могла возникнуть под влиянием южнорусских или белорусских диалектов, где суффикс -к- часто смягчается: ср. Козьма — Кузьмин, но Кузька — Кузькин. Вероятно, предки носителей фамилии жили на пограничье великорусских и малорусских земель — в Курской, Орловской или Воронежской губерниях, где фиксируются ранние упоминания Траханьковых.

Сословно фамилия не элитарна: титул тархан не перешёл напрямую в русское дворянство, а стал прозвищем. Носители фамилии в XVI–XVII веках скорее всего были служилыми людьми «по прибору» (стрельцами, казаками, пушкарями) или крестьянами, получившими фамилию по деду-торговцу. В переписных книгах XVII века встречаются отдельные упоминания Траханьковых среди посадских людей и однодворцев — особой категории южнорусского населения, сочетавшей черты крестьян и мелких землевладельцев.

С точки зрения ономастики, фамилия Траханькова — редкий пример сохранения тюркского титула в русской бытовой среде. Она не перешла в разряд «говорящих» фамилий (в отличие от Кузнецов или Попов), поэтому её значение стёрлось уже к XIX веку. Сегодняшний носитель фамилии может считать, что его предки имели отношение к привилегированной торговле или военной службе на южных рубежах России.