Фамилия Трошкова принадлежит к числу древних русских фамилий, образованных от народных форм крестильных имён. В её основе лежит имя Трошко (или Трошок) — одна из уменьшительно-ласкательных форм канонического имени Трофим. С древнегреческого это имя переводится как «кормилец», «питающий». Покровителем имени считается святой мученик Трофим, спутник апостола Павла в третьем апостольском путешествии. Он не оставлял апостола в трудностях, а позже, увиденный неверующими иудеями в Иерусалиме вместе с Павлом, стал причиной возмущения, которое закончилось для апостола оковами и темничным заключением. Дни памяти святого Трофима приходятся на 4 января и 15 апреля.

Скорее всего, основатель рода Трошковых был человеком из простого сословия: в старину полные имена использовали в основном в церковной среде, а в быту и в документах простых людей чаще фиксировали именно уменьшительные формы. Суффикс -к- в имени Трошко придавал ему оттенок повседневности и даже ласки, а фамильный суффикс -ов/-ев, как и в большинстве русских фамилий, указывает на принадлежность потомку человека с таким именем: Трошков — сын Трошка.

Существует и вторая версия происхождения фамилии, связанная не с именем, а с прозвищем. В южных и западных диалектах, а также в украинском языке бытует наречие «троха», «трошки» — «немного, мало, несколько». От него могло возникнуть прозвище Трошок, которое закрепилось за бедным крестьянином, владевшим малым наделом земли или жившим в скудости. Эта версия правдоподобна, поскольку прозвища, отражающие имущественное положение, в крестьянской среде встречались часто.

Третья, менее распространённая гипотеза возводит прозвище Трошко к глаголу «трошить», то есть «трогать», «задевать». В этом случае именование могло указывать на характер обладателя: так могли прозвать ловкого, проворного человека, который не упускал своей выгоды в деле, был хватким и деятельным.

Представители фамилии Трошковых встречаются в исторических источниках. В Книге памяти Новгородской области упоминается Александр Иванович Трошков, родившийся в 1912 году. В Книге памяти Иркутской области есть запись об Александре Степановиче Трошкове, родившемся в 1894 году в деревне Вольховка Осиповского уезда Пермской губернии. Эти записи подтверждают, что фамилия была распространена на севере и востоке России, а её носители — в основном крестьяне и люди рабочих профессий.